马山自然保护区是全国国家级自然保护区中面积最小的一个，但区内含有柱状理石柱群、硅化木群、沉积构造、接触变质带及古脊椎动物化石等丰富的地质遗迹，被地质界称为“袖珍式地质博物馆”。区内地质遗迹不仅丰富，而且十分独特，具有极高的科研价值。浅粗面火山岩柱状节理石柱群是世界“三大石群”之一，高26米，宽150米，单株独立、巍巍壮观，可与英国的“巨人堤”、美国的“魔鬼塔”相媲美；硅化木，现已发现并保存完好的有26处，最大的一株长16米、平均直径0.8米硅化完全、年轮清晰实属罕见；维妙维肖的沉积岩包卷层理和交错层理胜似一幅山水画，妖娆多姿的接触变质岩，展现了火山爆发的烈焰对地质的改变，给人留下了对大自然的感叹。
    　马山不仅有宝贵的自然地质遗迹，还有丰富的人文景观。明朝末年，道教“泥丸大师”李常明，在山上创建了玉皇殿、天成殿等十五处殿宇，使马山成为道教龙门派的“第二祖庭”（第一祖庭是北京的白云观）；还有为明朝光宗皇帝赐号“慧觉禅师”刘仙姑而建造的白云庵，四百年来香火从未间断。此外，民间还淬着如红点狐仙、济公井、将军桥等许多神秘而美丽的传说，充分体现了劳动人民的智慧和勇敢。现已修复的玉皇殿、每年的古历正月初一至十六、3月28日和6月28日举行大型山会活动。同时还新建了千佛洞狐仙居、即墨大夫等景点，供旅游者参观。

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